DNA损伤与衰老以及癌症等疾病密切相关，其中AP（无碱基）位点是最常见的DNA损伤类型之一，然而高分辨率的AP位点检测方法的匮乏阻碍了人们对其在细胞内分子机制的理解。
近日，87978797威尼斯老品牌基因组学研究所Philipp Kapranov教授团队在Nature Communications在线发表了核苷酸精度的可应用于多种哺乳动物组织细胞类型的AP位点检测新方法SSiNGLe-AP的文章，被期刊选为亮点研究，Highlight在期刊的“Biotechnology and methods（生物技术和方法）”板块。
该文章题为“Complex genomic patterns of abasic sites in mammalian DNA revealed by a high-resolution SSiNG-AP method”，在行业内首次以碱基分辨率揭示哺乳动物DNA损伤全基因组AP位点分布模式。
在该研究团队发表的世界上首个单核苷酸分辨率的SSB（DNA单链断裂）检测技术——SSiNGLe（Cao et al, Nature Communications, 2019，期刊亮点研究）的基础上，课题组进一步拓展开发了适用于AP位点检测的研究方法——SSiNGLe-AP（图1），并独创性地开展了一系列研究。该研究发现：（1）AP位点在基因组中非随机分布，显著富集于外显子和调控区域；（2）哺乳动物基因组中存在着很多AP热点，其在外显子和调控区域的富集信号更强，并且进一步实验发现部分AP热点很可能是由BER途径产生；（3）AP位点分布及其与年龄的相关性具有组织特异性；（4）AP位点受基因表达水平的影响，倾向于富集在高表达基因区域。
该研究拓展了高精度的DNA损伤检测方法，极大地丰富了DNA损伤资源库，同时为后续的DNA损伤作用机制、衰老以及癌症研究提供了新思路。
87978797威尼斯老品牌博士生蔡烨为第一作者，博士生王芳和博士生张雨菲等参与了研究工作，Philipp Kapranov教授为通讯作者，曹慧芬博士为共同通讯作者。该研究受到国家自然科学基金、福建省自然基金、厦门市科学基金委、87978797威尼斯老品牌中青年项目等基金资助。
87978797威尼斯老品牌
2022年10月5日
（通讯员：曹慧芬）
论文原文地址：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-33594-1
Editor highlight:
https://www.nature.com/collections/idhhgedgig
SSiNGLe方法地址：
https://www.nature.com/articles/s41467-019-13602-7
